I termini di inizio e di fine dei lavori possono essere prorogati con provvedimento motivato per fatti sopravvenuti estranei alla volontà del titolare del permesso di costruire (Decreto del Presidente della Repubblica 06/06/2001, n. 380, art. 15). Se invece non è stata chiesta una proroga, una volta decorsi i termini stabiliti, il permesso decade di diritto per la parte non eseguita.

La proroga può essere accordata con provvedimento motivato:

• considerando la mole dell'opera da realizzare, le sue particolari caratteristiche tecnico-costruttive o per difficoltà tecnico-esecutive emerse successivamente all'inizio dei lavori
• quando si tratta di opere pubbliche con un finanziamento previsto in più esercizi finanziari.

In caso contrario, per realizzare la parte dell'intervento non ultimata nel termine stabilito occorre ottenere un nuovo permesso di costruire, a meno che non rientri tra le opere realizzabili con:

• segnalazione certificata d’inizio attività
• comunicazione di inizio lavori asseverata (CILA) in edilizia libera. 

Il Decreto legge 21/06/2013, n. 69, previa comunicazione del soggetto interessato, proroga di due anni i termini di inizio e di ultimazione dei lavori indicati nei titoli abilitativi rilasciati o comunque formatisi prima del 22/06/2013. In ogni caso la proroga è possibile solo se i termini stabiliti dai titoli abilitativi rilasciati non siano già decorsi e se questi non risultino in contrasto con nuovi strumenti urbanistici approvati o adottati.